إن رسالة قسم الشؤون العلمية التي يعمل على تأديتها وتحقيقها هي العمل الدؤوب مع عمادات وأقسام الجامعة على تحويل المنجزات والإسهامات العلمية الى صورة واضحة يتطلع المتلقي من خلالها على ما تقوم به جامعة المشرق من إنجازات تصب في مصلحة المجتمع وتساهم في البناء وعلى كافة الصعد.

1.    تعزيز وترصين البحث العلمي ونشر أخلاقياته من خلال توفير المستلزمات المادية والمعنوية اللازمة التي يتطلبها البحث وتشجيع وتحفيز الكوادر التدريسية للارتقاء بمستوى النشاط والعمل البحثي في الجامعة.

2.    رعاية وتشجيع ومتابعة النتاج الفكري في الجامعة من خلال التأليف وبراءآت الإختراع وكذلك تنمية قدرات الملاكات التدريسية المعرفية والبحثية.

3.    السعي إلى إنشاء قاعدة بيانات لنشاطات الجامعة من مؤتمرات وندوات و ورش عمل وتعليم مستمر ومتابعة نتائجها وتوصياتها وتعميمها لضمان تحقيق المنفعة.

4.    تعزيز التواصل العلمي والمعرفي مع المؤسسات البحثية والمعرفية المختلفة داخل وخارج البلد وتنمية التعاون مع هذه الأطراف.

5.    تطوير وتفعيل المجلة العلمية للجامعة وتشجيع النشر فيها.

6.    متابعة الموقع الألكتروني وتطوير التعليم الألكتروني بما يخدم المسيرة التدريسية والعلمية والبحثية في الجامعة.

7.    تطوير وتوسيع مكتبة الجامعة من خلال متابعة الإصدارات الحديثة والمناهج الدراسية والمصادر اللازم توفرها لرفد متطلبات الدراسة الأكاديمية والبحث العلمي.

8.    دعم ومتابعة الطلبة من خلال برنامج الإرشاد والإشراف التربوي وذلك لتعزيز دور الطالب ودعمه من أجل العطاء والإبداع والتفوق والتحصيل الدراسي الأمثل الذي يحتاجه الطالب وفق المناهج التعليمية والحداثة والتطور.